拉氏图
拉氏图（又名 Ramachandran 图、[φ,ψ]图、α-碳与肽基交角图，英语：Ramachandran plot, Rama plot），是一种展示蛋白质结构中残基主链二面角ψ和φ的可视化方法。该图表最初由G. N. Ramachandran，C. Ramakrishnan和V. Sasisekharan于1963年提出，用于理论上展示氨基酸残基可能的构象，以及对同源建模后模型质量的检测。
简介
拉氏图的创建基于对三肽中心肽基在所有φ角和ψ角值时计算非键合原子间的允许距离，并将这些信息绘制成图。这种构象图或Ramachandran图简称拉氏图，展示了理论上残基可能出现的构象。肽键处的ω角通常是180°，由于肽键的部分双键性质，它保持平面结构。拉氏图的边缘可以从左到右和从上到下“卷”起来，因为二面角的值0°和360°是等效的。
拉氏图的应用包括从理论上展示氨基酸残基的ψ和φ二面角的可能组合，以及展示观测数据点的经验分布，用于结构确认或在蛋白质结构数据库中的分析。这些图通常用于展示理论偏好区域的外形。
氨基酸残基的侧链大小对其在拉氏图上的允许区域有影响。例如，甘氨酸的侧链只是一个氢原子，因此它的允许区域较大，而L-脯氨酸由于其侧链与主链α-C及N形成五元环，其ψ和φ的可能组合非常有限。
随着时间的推移，已经有数万种通过X-射线晶体学测定的蛋白质结构被存储于蛋白质资料库（PDB）。利用这些数据，研究者们产生了更加详细精确的φ,ψ图，这些图展示了来自一系列高分辨率结构的数据点以及通常情况下（除甘氨酸，脯氨酸及pre-Pro之外所有氨基酸），甘氨酸及脯氨酸的偏好和允许的构象区域的轮廓。